《星际之门:亚兰蒂斯》的剧情背景是：飞马星系的古人被众多的幽灵打得焦头烂额，烦不胜烦，虽然还剩个亚特兰蒂斯城没被彻底打跨，但古人再也不想跟幽灵纠缠了，把亚特兰蒂斯城沉入海底，回到银河系的老家地球来。

对于这个剧情背景设，有一些观众不加思索就接受了。但果稍微多想一想的观众现，不管编剧怎么强调或解释，这个大的背景是不成立的。

如果是星球上的固定产业，被幽灵道了地理位置然后不断攻来，也许是比较烦的。但记住，亚特兰蒂斯实际上是一个巨大的宇宙飞船，且有充足的ZPM供。如果幽灵打过来，就着飞船离开，去一个没有幽灵的地方休养。亚城里还有星门，只要调整一下水晶数据就可以连通任何星球。去别的星球产ZPM也好、生产新飞船也好，或者搬救兵，或者培养科技人才，等等全都不受影响。如亚城的新坐标再被幽灵知道了，又开走就是了。比如飞马星系的边，幽灵就极少去。或者一些荒芜的恒星系，幽灵也是不去的。整个飞马系这么大，亚城飞到新的地方，幽灵想找到是非常不容易的。

就算幽灵们齐心且非常用心的寻找，但幽灵的超空间驱动很差，飞飞停停，从A恒星系飞到B恒星系需要很长时间，如果穿越整个飞马系，比如左端边缘飞到右端边缘，所需要的时间更多。相反，古人的超空间驱动极强，相对来说速度快多了。再加上远程扫描功能，一旦发现有幽灵舰冲自己过来，赶紧转移地盘，幽灵舰怎么也追不上。

因此，不管古人怎么没有战争头脑，或者怎么不喜欢战争，只要把亚城开着到处跑，而且跟外界保持连通，怎么着也不至于被动到要把亚城沉入海底了逃回地球老家。

有着亚城这么优质的资源，且对付幽灵这么差劲的对手，古人居然被打得丢盔弃甲，是没有任何道理的。唯一的可能性是编剧在剧情构思上有严的漏洞。